ISLar1
- Family IS1595
- Group IS1595
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_ABCK01000011 | ND | Lentisphaera araneosa | Lentisphaera araneosa HTCC2155 |
DNA section
IS Length : 1039 bp
Ends
IR Length : 17
IRL : CACGATTAACCAGTTAAGAGTGTAAAACTTGATATAGCTATCTTTTAGTA
IRR : CACGATTAACCAGTTAACGATGCATTAAGGTAATCTACAGGTTTTTGCGA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATTAAACCTTAACA | AAGAAATT | TATAAATAAAT | 8 |
DNA sequence
CACGATTAACCAGTTAAGAGTGTAAAACTTGATATAGCTATCTTTTAGTAGCATATTAATTACATCTAATAAGGAGATGTATTATGCCTAAGAATAAAAT
TCAGTTTCAAGTTGGAGTTAGTTTTCCAGAATTCATCAAAACTTTTGGAACCGAGGATCAATGTAGTGCTTACTTGGAAAGCTGTAAGTGGCCTAATGGT
TTTAAATGTGAGACATGCGATAGTGATAAGTATTACCGCTATGAATCTGGAAGCCGCACCATCTTTCAATGTAAATCCTGCCGTAAAAACCATCGTTTAA
CAGCGGGCACTTTATTTCATCGTACGAAAGTTCCTCTACAGAAGTGGTTCTTAGCTCTGCATCAAATAAGCCAATCAAAGAACAGTGTTTCAGCATTAGA
ATTACACCGCCATATTGATGTGAATTATAAAACTGCCTGGTTAATAAAGCAGAAAATCATGCAGATGATGTATGAGCAAGACAGTAAGTATAAACTTAAA
GGTTTGGTTGAAATAGACGATGCTTACCTAGGTGGTCGACTGGAAGGAGGTAAACGAGGTAGAGGTTCAGAAAACAAATCTCCATTTATAGCGGCTGTGG
AAACTAACGAAAATCGAAATCCAGTTTTTGTTAAACTGAATCCTGTATCAAGTTTTTCTTATGAAGTGATTAAACAATGGGCTATAGATAATCTTGAGGA
GAACTGTGATACAATTTCAGACGGACTTAGAGGCTTCAGCGCCTTAAAAGAAGTAAGTAATCATAACGTTTTAGTTACTAGTAAAGCAAAGAAAGAAGAA
ATCGAAAGTACTTTTAAATGGGTGAATACCATTCTGAGTAATGTAAAAACTTCTATTTCTGGAACATTTCATTCACTAAAATTCGAGAAATACGGTTTCA
GGTATCTTGCTGATTTACAGTTTAGGCTCAACAGAAGATTTGACCTCAGAAAAATGTTTTTTGGACTGATTTCCAAAGCTATGACTACATCGCAAAAACC
TGTAGATTACCTTAATGCATCGTTAACTGGTTAATCGTG
TCAGTTTCAAGTTGGAGTTAGTTTTCCAGAATTCATCAAAACTTTTGGAACCGAGGATCAATGTAGTGCTTACTTGGAAAGCTGTAAGTGGCCTAATGGT
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GGTATCTTGCTGATTTACAGTTTAGGCTCAACAGAAGATTTGACCTCAGAAAAATGTTTTTTGGACTGATTTCCAAAGCTATGACTACATCGCAAAAACC
TGTAGATTACCTTAATGCATCGTTAACTGGTTAATCGTG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
951 bp | 315 aa | 84 | 1034 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MPKNKIQFQVGVSFPEFIKTFGTEDQCSAYLESCKWPNGFKCETCDSDKYYRYESGSRTIFQCKSCRKNHRLTAGTLFHRTKVPLQKWFLALHQISQSKN
SVSALELHRHIDVNYKTAWLIKQKIMQMMYEQDSKYKLKGLVEIDDAYLGGRLEGGKRGRGSENKSPFIAAVETNENRNPVFVKLNPVSSFSYEVIKQWA
IDNLEENCDTISDGLRGFSALKEVSNHNVLVTSKAKKEEIESTFKWVNTILSNVKTSISGTFHSLKFEKYGFRYLALQFRLNRRFDLRKMFFGLISKAMT
TSQKPVDYLNASLTG
SVSALELHRHIDVNYKTAWLIKQKIMQMMYEQDSKYKLKGLVEIDDAYLGGRLEGGKRGRGSENKSPFIAAVETNENRNPVFVKLNPVSSFSYEVIKQWA
IDNLEENCDTISDGLRGFSALKEVSNHNVLVTSKAKKEEIESTFKWVNTILSNVKTSISGTFHSLKFEKYGFRYLALQFRLNRRFDLRKMFFGLISKAMT
TSQKPVDYLNASLTG
Blast result :
Comments
ISLar1 is 65% aa simialr to ISGur2.
References
1] Giovannoni,S., Cho,J.-C., Ferriera,S., Johnson,J., Kravitz,S., Beeson,K., Sutton,G., Rogers,Y.-H., Friedman,R., Frazier,M. and Venter,J.C. (2007) Direct submission GenBank.