ISPma1

  • Family IS1595
  • Group IS1595
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
DQ371393 ND Photobacterium mandapamensis
Photobacterium mandapamensis
DNA section
IS Length : 1026 bp

Ends


IR Length : 18/25

IRL : CCTGATTACCACTATTTAACAGCCACTATTAAATTATCTCCTATACTTCA
IRR : CCTGATTACCACCGAGACTCAGCCAAGGTTAATAATTTCTCTGGCATCGG

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
CTGCTGCGGCTAAATTTAATGTCGATATTACCGATG8

DNA sequence

CCTGATTACCACTATTTAACAGCCACTATTAAATTATCTCCTATACTTCAAGATATTGAAGTATAGGAGTGACGTTATGCCTAAGAATTCAATCCAATTT
CAGAAAGGCTTTTCTATACCCGAATTTATGCAAATGTACGGGACAGAAATGCAGTGTCGGGAGCGTTTGTTTAATATTCGATGGAAAAATGGTTACGTTT
GCCCTAACTGTGCTTCTAAAAGCTATTGTGAACTTAAATCACGCTCATTATATCAATGTAATAAGTGTCACCATCAGACATCATTGACGGCAGGTACTTT
ATTTTCTCACTCAAAATTACCGTTAACCACTTGGTTTTTAGCTATTTATCTCATCACACAAGATAAAAACAGTATTTCAGCATTAGAGCTAAAGCGTAAA
TTAGGGGTTTCTTATAACGCAGCATGGCGAATAAAACATAAACTCATGCAAGTGATGAAAGAGCATGATGATAATCGAAAGTTAGGCAATATCGTGCAAT
TGGATGATGCATATATTGGAGGTAAACAAAAAGGAAAGCGAGGACGTGGTGCCAAAGGTAAAACACCTTTTGTATCAGCGATCTCTTTGAATGAAGAAGG
TCATCCTATTTATATGCGGCTAAGTGTTGTTTCTTGTTTTAAAAAACAAGAAATTACAGATTGGGCTAAAAAGCATTTACAAGAAAAAACGTTAGTTATA
TCAGATGGTTTGCCCTGTTTTAATGGTCTATTAGCGGCAGATATTATTCATGGTTCATTACCAAAAAATGGTAAAGAACTTCACCAATATGAAGCTGCAT
TTTATTGGGTCGATACCATGATTGGTAACGTTAAAAATTCTATAAAAGGGACATATCACGCAATTAGAGAAAAACATATTCCTCGTTATCTTGGTGAATT
CTGTTTTCGATTTAATTATCGGTTTCGAGTTGAAGATATATTCGATACGCTAATTAAATGTGGTGCAAAATCACCACCGATGCCAGAGAAATTATTAACC
TTGGCTGAGTCTCGGTGGTAATCAGG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
945 bp314 aa771021+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MPKNSIQFQKGFSIPEFMQMYGTEMQCRERLFNIRWKNGYVCPNCASKSYCELKSRSLYQCNKCHHQTSLTAGTLFSHSKLPLTTWFLAIYLITQDKNSI
SALELKRKLGVSYNAAWRIKHKLMQVMKEHDDNRKLGNIVQLDDAYIGGKQKGKRGRGAKGKTPFVSAISLNEEGHPIYMRLSVVSCFKKQEITDWAKKH
LQEKTLVISDGLPCFNGLLAADIIHGSLPKNGKELHQYEAAFYWVDTMIGNVKNSIKGTYHAIREKHIPRYLGEFCFRFNYRFRVEDIFDTLIKCGAKSP
PMPEKLLTLAESRW

 

Blast result :
Comments
ISPma1 is 69% aa similar to ISLsp1.
References
1] Kaeding,A.J., Ast,J.C., Pearce,M.M., Urbanczyk,H., Kimura,S., Endo,H., Nakamura,M. and Dunlap,P.V. (2007) Appl. Environ. Microbiol. 73 (10), 3173-3182