ISPma1
- Family IS1595
- Group IS1595
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
DQ371393 | ND | Photobacterium mandapamensis | Photobacterium mandapamensis |
DNA section
IS Length : 1026 bp
Ends
IR Length : 18/25
IRL : CCTGATTACCACTATTTAACAGCCACTATTAAATTATCTCCTATACTTCA
IRR : CCTGATTACCACCGAGACTCAGCCAAGGTTAATAATTTCTCTGGCATCGG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CTGCTGCGGCT | AAATTTAA | TGTCGATATTACCGATG | 8 |
DNA sequence
CCTGATTACCACTATTTAACAGCCACTATTAAATTATCTCCTATACTTCAAGATATTGAAGTATAGGAGTGACGTTATGCCTAAGAATTCAATCCAATTT
CAGAAAGGCTTTTCTATACCCGAATTTATGCAAATGTACGGGACAGAAATGCAGTGTCGGGAGCGTTTGTTTAATATTCGATGGAAAAATGGTTACGTTT
GCCCTAACTGTGCTTCTAAAAGCTATTGTGAACTTAAATCACGCTCATTATATCAATGTAATAAGTGTCACCATCAGACATCATTGACGGCAGGTACTTT
ATTTTCTCACTCAAAATTACCGTTAACCACTTGGTTTTTAGCTATTTATCTCATCACACAAGATAAAAACAGTATTTCAGCATTAGAGCTAAAGCGTAAA
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TTTATTGGGTCGATACCATGATTGGTAACGTTAAAAATTCTATAAAAGGGACATATCACGCAATTAGAGAAAAACATATTCCTCGTTATCTTGGTGAATT
CTGTTTTCGATTTAATTATCGGTTTCGAGTTGAAGATATATTCGATACGCTAATTAAATGTGGTGCAAAATCACCACCGATGCCAGAGAAATTATTAACC
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CTGTTTTCGATTTAATTATCGGTTTCGAGTTGAAGATATATTCGATACGCTAATTAAATGTGGTGCAAAATCACCACCGATGCCAGAGAAATTATTAACC
TTGGCTGAGTCTCGGTGGTAATCAGG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
945 bp | 314 aa | 77 | 1021 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MPKNSIQFQKGFSIPEFMQMYGTEMQCRERLFNIRWKNGYVCPNCASKSYCELKSRSLYQCNKCHHQTSLTAGTLFSHSKLPLTTWFLAIYLITQDKNSI
SALELKRKLGVSYNAAWRIKHKLMQVMKEHDDNRKLGNIVQLDDAYIGGKQKGKRGRGAKGKTPFVSAISLNEEGHPIYMRLSVVSCFKKQEITDWAKKH
LQEKTLVISDGLPCFNGLLAADIIHGSLPKNGKELHQYEAAFYWVDTMIGNVKNSIKGTYHAIREKHIPRYLGEFCFRFNYRFRVEDIFDTLIKCGAKSP
PMPEKLLTLAESRW
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Blast result :
Comments
ISPma1 is 69% aa similar to ISLsp1.
References
1] Kaeding,A.J., Ast,J.C., Pearce,M.M., Urbanczyk,H., Kimura,S., Endo,H., Nakamura,M. and Dunlap,P.V. (2007) Appl. Environ. Microbiol. 73 (10), 3173-3182