ISFtu7
- Family IS1595
- Group IS1016
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| CP000439 | ND | Francisella tularensis | Francisella tularensis subsp. novicida U112 |
DNA section
IS Length : 740 bp
Ends
IR Length : 18/19
IRL : GGTTCTAGATAACTTTAGCTTGTCAAAAATCATTGATGGAGCTATATTTT
IRR : GGTCTAGATAACTTTAGCACTAAATTTTCTTACTAAAGTTAACATAATTT
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|
DNA sequence
GGTTCTAGATAACTTTAGCTTGTCAAAAATCATTGATGGAGCTATATTTTATCTATGTTGGAAGGTATAAAAAACGTTCGCATATTTCAGATGCTAAAAT
TAGAGAAATCTTAAAGTGTTTTTGCTTGGATTTAACAGCAACAAACACGAGTAAAATCACTAATGTTAGTAGAGTAACAATTAATCGCTATTTTGATAGA
TTTCGTAAAATAATTATATTGTCTGATGAAAAGTTCTTTGCATCTGCTGGAGAGTTTGAGTTAGATGAGTCTTATTTTGGAGCTAAACGAGTACGAGGTA
AACGTGGTCGTGGAGCTGTAGGTAAAACACCAGTATTTGGTGTTTTAAAGCGAAATGAAAACAATAAAGTCTATGTTTCTATTGTGCCAAACTGCTCTAA
AGAGTCCTTAATGCCTATAATACAGGGCAAAATACTCGAAAACAGCACAATCTATACTGATGGCTGGAAAGCGTATGATGGACTAATTCTTAACGGTTAT
GATCTCTACCGAATTTATCACTCTGATAATGAGTTTGCTCGTGGTAAAAACCATGTTAATGGTATAGAGTCATTTTGGTCTTTTTCTAAAAGAAGACTTG
CTAAATTTAATGGATTGAGTGATGATAAGTTTGTCTTGCACTTAAAAGAGTGTGAATTTAGGTGGAATAATAAAGATAATCATTTATATAAAATTATGTT
AACTTTAGTAAGAAAATTTAGTGCTAAAGTTATCTAGACC
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AACGTGGTCGTGGAGCTGTAGGTAAAACACCAGTATTTGGTGTTTTAAAGCGAAATGAAAACAATAAAGTCTATGTTTCTATTGTGCCAAACTGCTCTAA
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CTAAATTTAATGGATTGAGTGATGATAAGTTTGTCTTGCACTTAAAAGAGTGTGAATTTAGGTGGAATAATAAAGATAATCATTTATATAAAATTATGTT
AACTTTAGTAAGAAAATTTAGTGCTAAAGTTATCTAGACC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 702 bp | 233 aa | 36 | 737 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MELYFIYVGRYKKRSHISDAKIREILKCFCLDLTATNTSKITNVSRVTINRYFDRFRKIIILSDEKFFASAGEFELDESYFGAKRVRGKRGRGAVGKTPV
FGVLKRNENNKVYVSIVPNCSKESLMPIIQGKILENSTIYTDGWKAYDGLILNGYDLYRIYHSDNEFARGKNHVNGIESFWSFSKRRLAKFNGLSDDKFV
LHLKECEFRWNNKDNHLYKIMLTLVRKFSAKVI
FGVLKRNENNKVYVSIVPNCSKESLMPIIQGKILENSTIYTDGWKAYDGLILNGYDLYRIYHSDNEFARGKNHVNGIESFWSFSKRRLAKFNGLSDDKFV
LHLKECEFRWNNKDNHLYKIMLTLVRKFSAKVI
Blast result :
Comments
ISFtu7 is 97% aa similar to ISFtu3. There is no stop codon in frame for this IS.
References
1] Brittnacher,M., Rohmer,L., Zhou,Y., Abmayr,S., D'Argenio,D., Bovee,D., Chang,J., Chen,J., Drees,B., Ernst,R., Fong,C., Forsman,M., Gallagher,L., Gallis,B., Gillett,W., Goodlett,D., Guina,T., Guenthner,D., Haugen,E., Hayden,H., Jacobs,M., Kang,A., Larson Freeman,T., Levy,R., Lim,R., Manoil,C., Olson,M.V., Radey,M., Shaffer,S., Svensson,K., Taylor,G., Wasnick,M., Kaul,R. and Miller,S.I. (2006) Direct submission GanBank.