ISWsu1
- Family IS3
- Group IS407
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_005090 | ND | Wolinella succinogenes | Wolinella succinogenes DSM 1740 |
DNA section
IS Length : 1203 bp
Ends
IR Length : 35/47
IRL : TGTACCCTTCCCCAAAAACTAGACCGAATATGAGTTGATAACTTCTGCTA
IRR : TGTACCCCTCCCCAATTTTTAGACCAAGGTCAAGCTGATAATTTCTTGTC
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| ATACTTTTAT | CGGCTCTTTC | 0 |
DNA sequence
TGTACCCTTCCCCAAAAACTAGACCGAATATGAGTTGATAACTTCTGCTAAAATAATTGCAGGAGTTAGGAATGAAGAAGAGTAGATTTACAGAGAGCCA
AATTGTGGGCATTTTAAATGAAGTAGAAGCTGGGATGAGAGTTTCTGATGTGTGTCGTAAACATGGTGTTAGTAATCAAACCTTTTATGTGTAGAAAAGT
AAGTATGGAGGTATGAGCGTCTCGGACATAAAACGTCTCAAAGAGCTAGAGAATGAGAACGCTAAGCTTAAAAAGATGTTTGCAGATATGGCACTTGAAA
ATCACGCACTAAAGGATCTTTTAGAAAAAAAGCTCTAACGCCTGACGGTAAACGAGAAGCTGTAGAGCATCTTCATAAAGAACATGAGCTTTCTCTTCGT
CAGGCATGTAAAATAGTTGGACTAAATCGTAGCAGTTTTTATTATCAAGCTACACCAAAAGAGGATAGAGAGGTGATTGATGCGCTCAATCACTTTGCTA
CTAAGCACATCCGTAATGGTTTTAAAAAGCTCTATCTTCGAATTCGTAATGCAGGATATGATTGGAATCATAAACGAGTATATAGAGTTTACAAGTCTTT
AGGACTTAATATGCGCCCTAAAACAAAGCACTGCCTGCCAGAACGTGTGCAGACACCACTGCAAGAGTTGGAGTGTATCAATGATGTTTGGTCTATGGAT
TTTATGTCTGATACTCTTTGGTATGGCAAACGCTACCGCCTACTAAATATCATCGATGAGTACAACAGAGAATTTTTAGATGTAGAGATAGATACATCAC
TCCCTGCACATAGAGTAATCAGAGCGCTAGAGCGTGTTTGTGAATATAGAGGGTATCCAAATACCATCCGTGTTGATAATGGTCCAGAGTTTATCTCTAC
ACAGCTTGAATTATGGTGTAATAAGCACAATATCACACTAGATTTTATCAGACCCGGAAAACCTATCGAGAATGCTAGAGTTGAAAGATTTAATGGTAGC
TTTAGAAGAGAATTGCTCAACTGCTATGTGTTTGGATCACTCAGTGAAGTGAGGGAAAAAGTTAAAGAGTGGAAATATGACTATAATCATCACAGACCAC
ATGAGGCATTGGAAAATTTAAGCCCTATCAAATATTTACAAAAGCATAATCAGGACAAGAAATTATCAGCTTGACCTTGGTCTAAAAATTGGGGAGGGGT
ACA
AATTGTGGGCATTTTAAATGAAGTAGAAGCTGGGATGAGAGTTTCTGATGTGTGTCGTAAACATGGTGTTAGTAATCAAACCTTTTATGTGTAGAAAAGT
AAGTATGGAGGTATGAGCGTCTCGGACATAAAACGTCTCAAAGAGCTAGAGAATGAGAACGCTAAGCTTAAAAAGATGTTTGCAGATATGGCACTTGAAA
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CAGGCATGTAAAATAGTTGGACTAAATCGTAGCAGTTTTTATTATCAAGCTACACCAAAAGAGGATAGAGAGGTGATTGATGCGCTCAATCACTTTGCTA
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TTTATGTCTGATACTCTTTGGTATGGCAAACGCTACCGCCTACTAAATATCATCGATGAGTACAACAGAGAATTTTTAGATGTAGAGATAGATACATCAC
TCCCTGCACATAGAGTAATCAGAGCGCTAGAGCGTGTTTGTGAATATAGAGGGTATCCAAATACCATCCGTGTTGATAATGGTCCAGAGTTTATCTCTAC
ACAGCTTGAATTATGGTGTAATAAGCACAATATCACACTAGATTTTATCAGACCCGGAAAACCTATCGAGAATGCTAGAGTTGAAAGATTTAATGGTAGC
TTTAGAAGAGAATTGCTCAACTGCTATGTGTTTGGATCACTCAGTGAAGTGAGGGAAAAAGTTAAAGAGTGGAAATATGACTATAATCATCACAGACCAC
ATGAGGCATTGGAAAATTTAAGCCCTATCAAATATTTACAAAAGCATAATCAGGACAAGAAATTATCAGCTTGACCTTGGTCTAAAAATTGGGGAGGGGT
ACA
Recoding section
- Recoding by frameshift
- Frame
- Type
- Experimentally demonstrated
Stimulators :
- Shine-Dalgarno sequence :
- Secondary structure :
Recoding motif :
Protein section
ORF number : 3
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 267 bp | 88 aa | 72 | 338 | + | No |
Description : First part of the transposase
ORF sequence :
MKKSRFTESQIVGILNEVEAGMRVSDVCRKHGVSNQTFYV*KSKYGGMSVSDIKRLKELENENAKLKKMFADMALENHALKDLLEKKL
Blast result :ORF 2
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 876 bp | 291 aa | 299 | 1174 | + | No |
Description : Second part of the transposase
ORF sequence :
KSRTKGSFRKKALTPDGKREAVEHLHKEHELSLRQACKIVGLNRSSFYYQATPKEDREVIDALNHFATKHIRNGFKKLYLRIRNAGYDWNHKRVYRVYKS
LGLNMRPKTKHCLPERVQTPLQELECINDVWSMDFMSDTLWYGKRYRLLNIIDEYNREFLDVEIDTSLPAHRVIRALERVCEYRGYPNTIRVDNGPEFIS
TQLELWCNKHNITLDFIRPGKPIENARVERFNGSFRRELLNCYVFGSLSEVREKVKEWKYDYNHHRPHEALENLSPIKYLQKHNQDKKLSA
LGLNMRPKTKHCLPERVQTPLQELECINDVWSMDFMSDTLWYGKRYRLLNIIDEYNREFLDVEIDTSLPAHRVIRALERVCEYRGYPNTIRVDNGPEFIS
TQLELWCNKHNITLDFIRPGKPIENARVERFNGSFRRELLNCYVFGSLSEVREKVKEWKYDYNHHRPHEALENLSPIKYLQKHNQDKKLSA
Blast result :ORF 3
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1103 bp | 367 aa | 72 | 1174 | + | Yes |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKKSRFTESQIVGILNEVEAGMRVSDVCRKHGVSNQTFYV*KSKYGGMSVSDIKRLKELENENAKLKKMFADMALENHALKDLLEKKALTPDGKREAVEH
LHKEHELSLRQACKIVGLNRSSFYYQATPKEDREVIDALNHFATKHIRNGFKKLYLRIRNAGYDWNHKRVYRVYKSLGLNMRPKTKHCLPERVQTPLQEL
ECINDVWSMDFMSDTLWYGKRYRLLNIIDEYNREFLDVEIDTSLPAHRVIRALERVCEYRGYPNTIRVDNGPEFISTQLELWCNKHNITLDFIRPGKPIE
NARVERFNGSFRRELLNCYVFGSLSEVREKVKEWKYDYNHHRPHEALENLSPIKYLQKHNQDKKLSA
LHKEHELSLRQACKIVGLNRSSFYYQATPKEDREVIDALNHFATKHIRNGFKKLYLRIRNAGYDWNHKRVYRVYKSLGLNMRPKTKHCLPERVQTPLQEL
ECINDVWSMDFMSDTLWYGKRYRLLNIIDEYNREFLDVEIDTSLPAHRVIRALERVCEYRGYPNTIRVDNGPEFISTQLELWCNKHNITLDFIRPGKPIE
NARVERFNGSFRRELLNCYVFGSLSEVREKVKEWKYDYNHHRPHEALENLSPIKYLQKHNQDKKLSA
Blast result :
Comments
References
1] Baar,C., Eppinger,M., Raddatz,G., Simon,J., Lanz,C., Klimmek,O., Nandakumar,R., Gross,R., Rosinus,A., Keller,H., Jagtap,P., Linke,B., Meyer,F., Lederer,H. and Schuster,S.C. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (20), 11690-11695.