ISPtu1
- Family IS4
- Group IS10
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_AAOH01000001 | ND | Pseudoalteromonas tunicata | Pseudoalteromonas tunicata D2 |
DNA section
IS Length : 1351 bp
Ends
IR Length :
IRL : TGACGAATCCCCACAATTTGATAATATAAATCAATAAGATAATATAAAAA
IRR : TGAGGGATCCCCACAATTTTATCCAAGCTACAAGCACTCACGGCAATCCT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GGTCAGGTCC | GGACTTGACC | 0 |
DNA sequence
TGACGAATCCCCACAATTTGATAATATAAATCAATAAGATAATATAAAAAAAATAGTTGAAGTGAAGTGCATAGCTAATTTTGATCTTATATGCTTTTTC
CGACCAAAGAAATTACATACTAAATCGACTATGCACTTAAATAAATTATTACATAAAACATTTTCTAATACAGTAGGTGTTATTGATAAGCGTAACCACT
GCACATTAATGAAAGCAGCAGCAACACTCTGCCAACATACGTTCATATCCATTGCTGCTTTGGGAAGAAAGCTAAAGAGCAATGCGAAGGTTAAACACAA
TATTAAACGAATAGATAGGTTATTTGGCAACCCTCGCGTCCAGTTCGCCCGCTATCACTATTACCAAGAAATCACTCACCGCGTGATTGGTCAAATTAGA
CGCCCATGCGTGACGATTGATTGGTCTGGGTTAACACCCTGTGGCGAGTTTCATTTATTACGGGCAGCGGTGCCAGTTAAAGGTCGAGCAATGACAATCT
ATGAGCAAAGTTTTCGTGAATGTGAATACATGAAGCAAAGCGTACATAAGGATTTCATCAAAACACTTAAATCAATATTACCTTCTGATTGCAAGCCGAT
CATTGTTACCGATGCAGGATTTCGCAACCCTTGGTTTAAGTTAGTGCTTAAATTTGGTTGGGATTTTGTAGGTAGAGTGAGGCATCAAACACAATATCAA
AAGCCAGAAGATGATACGAGTTGGTTACCAGTAAAAACACTTTATTCTAAAGCGACAGCAAAACCCGTTTATCTATTTGAAACACAACTCGCTAAAGCCA
ATTCATTGAGTGGTCACTTTTACTTGTTTAAATCAAAGCCTAAACAAAGAAAAAAGAAAAATCTTCGAGGAAAAACGATTCGCTGCAGCGTAAGCTTGAA
ACATGCTAAAGGCGCCACGGAGCCATGGTTATTATTTACCTCACTGTGCAATATTAATTATTCAGCGCAAGATATGGTTAAAATTTACAGCCAGCGAATG
CAGATAGAAGAGTCCTTTCGAGACTTAAAAAACACGAGTAATGGTTTGAACTTACGTCATTGTCGTAGCTATGAAAAAGGCCGTTTAAATGTCGCATTAT
TGATTGCATTAATTGCTAATTTTATCCTTTGGCTAGCAGGTTTAACGGCAAAAATATTAAATGTGCATAGAAGCTTTCAGGCGAATACGATAAAGAATAG
AAACGTGCTGTCTAGCTTTAGTTTGGGGACGCAATACTTCGAAAAATTTGGTTATAAAATAAAACTGAAAACGTTTTTAGAAGCACTCAAGCAATTAAAT
AAGGATTGCCGTGAGTGCTTGTAGCTTGGATAAAATTGTGGGGATCCCTCA
CGACCAAAGAAATTACATACTAAATCGACTATGCACTTAAATAAATTATTACATAAAACATTTTCTAATACAGTAGGTGTTATTGATAAGCGTAACCACT
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CAGATAGAAGAGTCCTTTCGAGACTTAAAAAACACGAGTAATGGTTTGAACTTACGTCATTGTCGTAGCTATGAAAAAGGCCGTTTAAATGTCGCATTAT
TGATTGCATTAATTGCTAATTTTATCCTTTGGCTAGCAGGTTTAACGGCAAAAATATTAAATGTGCATAGAAGCTTTCAGGCGAATACGATAAAGAATAG
AAACGTGCTGTCTAGCTTTAGTTTGGGGACGCAATACTTCGAAAAATTTGGTTATAAAATAAAACTGAAAACGTTTTTAGAAGCACTCAAGCAATTAAAT
AAGGATTGCCGTGAGTGCTTGTAGCTTGGATAAAATTGTGGGGATCCCTCA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1194 bp | 397 aa | 130 | 1323 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MHLNKLLHKTFSNTVGVIDKRNHCTLMKAAATLCQHTFISIAALGRKLKSNAKVKHNIKRIDRLFGNPRVQFARYHYYQEITHRVIGQIRRPCVTIDWSG
LTPCGEFHLLRAAVPVKGRAMTIYEQSFRECEYMKQSVHKDFIKTLKSILPSDCKPIIVTDAGFRNPWFKLVLKFGWDFVGRVRHQTQYQKPEDDTSWLP
VKTLYSKATAKPVYLFETQLAKANSLSGHFYLFKSKPKQRKKKNLRGKTIRCSVSLKHAKGATEPWLLFTSLCNINYSAQDMVKIYSQRMQIEESFRDLK
NTSNGLNLRHCRSYEKGRLNVALLIALIANFILWLAGLTAKILNVHRSFQANTIKNRNVLSSFSLGTQYFEKFGYKIKLKTFLEALKQLNKDCRECL
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Blast result :
Comments
ISPtu1 is 58% aa similar to ISShfr1.
References
1] Moran,M.A., Kjelleberg,S., Egan,S., Saunders,N., Thomas,T., Ferriera,S., Johnson,J., Kravitz,S., Halpern,A., Remington,K., Beeson,K., Tran,B., Rogers,Y.-H., Friedman,R. and Venter,J.C.(2006) Direct submission GenBank.