ISFtu6
- Family IS1595
- Group IS1016
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ND | Francisella tularensis | Francisella tularensis subsp novicida U112 |
DNA section
IS Length : 711 bp
Ends
IR Length : 18/19
IRL : GGGGCTGTCCTAGATAACTAAGTTATGTTAGGATGGTTTTGATGAGAAGA
IRR : GGGGCTGTCCTAGATAAGTTTACTTTAAAGTCTCTCTAACCCAGTGTCTA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATTTACAATT | TAAAATAA | TATTCATA | 8 |
AAGATTTATT | AAGAAAAA | ACTTATCT | 8 |
DNA sequence
GGGGCTGTCCTAGATAACTAAGTTATGTTAGGATGGTTTTGATGAGAAGAAGTAGGTTAAGTTCATATAAACAAGAGAAGTTAATAGAGTTATTTATAGC
AGGAAGTACAGCACGAACTGCATCAGAATTAGTATCAGTAAATAAAACTACAGCCAGCTATTATTTTCATAGATTAAGATTACTTATTTATCAAAACAGT
GCGCATTTAGAAATGTTTGCTGGAGAAATTGAAGTAGATGAAAGTTACTTTGGAGGAACTCGTAAAGGAAAACGAGGTAGAGGAGCTGGTGGTAAAGTTC
CTGTATTTGGTTTACTTAAACGTAATGGGAAGGTATACACAGTAATTATTCCAGATGCTAAGAGTGATACTTTATTACCAATAATTAGAGAAAAGGTTAA
GCCTGATAGTATCGTTTACACAGATACCTTTAGAAGCTATAATGCACTAGATGTATCTGAGTTTAAACATTACAGAATTAATCATAGTAAGTTATTTGCT
AAAAAGCATAATCACATAAATGGTATAGAGAATTTTTGGAATCAAGCAAAGAGACATTTGAGGAAATTTAATTGTATTCCTAGAGAACATTTTCACTTGT
TTTTGAAGGAATGTGAGTGGAGATTTAACCACAGTGATTCTAAACAGCAACTAAAGCTAATTAGACACTGGGTTAGAGAGACTTTAAAGTAAACTTATCT
AGGACAGCCCC
AGGAAGTACAGCACGAACTGCATCAGAATTAGTATCAGTAAATAAAACTACAGCCAGCTATTATTTTCATAGATTAAGATTACTTATTTATCAAAACAGT
GCGCATTTAGAAATGTTTGCTGGAGAAATTGAAGTAGATGAAAGTTACTTTGGAGGAACTCGTAAAGGAAAACGAGGTAGAGGAGCTGGTGGTAAAGTTC
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TTTTGAAGGAATGTGAGTGGAGATTTAACCACAGTGATTCTAAACAGCAACTAAAGCTAATTAGACACTGGGTTAGAGAGACTTTAAAGTAAACTTATCT
AGGACAGCCCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
657 bp | 219 aa | 33 | 689 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MVLMRRSRLSSYKQEKLIELFIAGSTARTASELVSVNKTTASYYFHRLRLLIYQNSAHLEMFAGEIEVDESYFGGTRKGKRGRGAGGKVPVFGLLKRNGK
VYTVIIPDAKSDTLLPIIREKVKPDSIVYTDTFRSYNALDVSEFKHYRINHSKLFAKKHNHINGIENFWNQAKRHLRKFNCIPREHFHLFLKECEWRFNH
SDSKQQLKLIRHWVRETLK
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SDSKQQLKLIRHWVRETLK
Blast result :
Comments
ISFtu6 is 86% aa similar to ISHpa1.
References
1] Haugen, E. (2006) Direct submission.