ISFac2
- Family IS5
- Group IS903
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AABC04000014 | ND | Ferroplasma acidarmanus | Ferroplasma acidarmanus |
DNA section
IS Length : 1040 bp
Ends
IR Length : 19/20
IRL : GTAGTGTGTTGCATAATTCATTCTAATTTAATAATTATTCCATAATAAAT
IRR : GTAGTGTGTTGCATAATTAATAGGCATGTGTCATCCCCCTCATAATATTG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATAATCATAC | GAAAAAT | AGAATATTCA | 7 |
DNA sequence
GTAGTGTGTTGCATAATTCATTCTAATTTAATAATTATTCCATAATAAATTTAAAACTTAAAAGGTAAACCCCTATATAGTGAAATATAGGGGCGATTTG
CTTTGACACCACAAATCAATAATAAAATAAATAGAAGTATAAAAAGATACTGGATTGGTTCCAACAGAAGATGGGAAAAGTATAATGAATCACTTGTAGA
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TGAGGGGGATGACACATGCCTATTAATTATGCAACACACTAC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
921 bp | 307 aa | 103 | 1023 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MTPQINNKINRSIKRYWIGSNRRWEKYNESLVDRVEYLTDLSFIKDYDTLLEEKNSGKIGHPYKVPDALIMYLARLRSIFNVPFRSLEGILRSLAIITGI
KSISYSEIFRRIRRIKPELNNINNKLDCIIDSTGYKITIRGDYLGHKWHKKRKGWLKLHVIISLKDVNVLSFTITDEHTHDSKAARKLLSKMKNNILRIF
GDRGYDSKYIYNMFGYNAVIPPRKNASTKSRGSSTRAKIVRFIKKNSMEQWKENNSYGKRWIVEIYFSGLKRVMTEVIKAKKIEYIIQELALKVVNYNIM
RGMTHAY
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GDRGYDSKYIYNMFGYNAVIPPRKNASTKSRGSSTRAKIVRFIKKNSMEQWKENNSYGKRWIVEIYFSGLKRVMTEVIKAKKIEYIIQELALKVVNYNIM
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Blast result :
Comments
ISFac2 is 52% aa similar ISC1058.
References
[1] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Detter,C., Glavina,T.,
Hammon,N., Israni,S., Pitluck,S. and Richardson,P. (2005) Direct submission to Genbank
Hammon,N., Israni,S., Pitluck,S. and Richardson,P. (2005) Direct submission to Genbank