ISPin1
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_AAQS01000007.1 | ND | Psychromonas ingrahamii | Psychromonas ingrahamii 37 |
DNA section
IS Length : 1039 bp
Ends
IR Length : 20/24
IRL : GGCTCTGTTCCATCAAATTGTTGGCTATACTTAAAAATGAGTTTAACTTA
IRR : GGCTCTGTTCCATATTAATGTTGGTATTGATAAGCAGCAGCCAATATCTG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GTCACTGACTTTGT | ATAACAAT | ACATCACCTGGTTGAA | 8 |
DNA sequence
GGCTCTGTTCCATCAAATTGTTGGCTATACTTAAAAATGAGTTTAACTTATTGAAGGTAAAGGCAATGAAAACAGAATTATTTCGATGTCAGCTCAATCA
CATTACAAAAACACTTTTAGCCATGACACCCGCTCAAAGATTAACGGTTCAGCACGTTATTCAAGTATCTCAACCAGAAATTACGATTAATGAGCTGATC
CAACCTATTTTCAATTCATCACCTCAATGCCCACATTGCCATTGTGCACATTTTACTAAGTGGGGAAAAGCGGGATCGGTACAACGCTATAAATGCTTTT
CTTGTCATAAGACATTCAATAATAAAACAAAAACACCTTTAGCTAAGTTACATAGATGTGAGCTTTGGGATAAATACGCTGAGTGTATGTCGTTGAAACT
CACATTACGTGAAGCAGCTGCTGTTTGTAACATTAATCTGAAAACCTCATTTCTTTGGCGTCACCGTTTTTTGATGGCGCAATCTGAGCACAATCATGAA
AAATTATCGGGAATAATTGAAGCTGATGAGTTTTTTATGGCGTATTCGGAAAAAGGAAGTAAGCAGCTAAAAAACAATAGAAAAGCCAATAAGCGTGGTG
GTCAAATGAGTAAAAAACATAACGAGAGTAAAGTAACCATTCTACTCTCAATAGATCGCAGCGAACATATGGTGAGTCACGTTTTAGCAGCAAATACTAA
AGCGGAAATTAAATCATATTTACAGCCATATATAACCACAGAGTCAGTTTTATGTACTGATGGTGCTCATGCTTATGAGGAAATAGCTAACGTCACCCAA
TGCGAGCATAAACGGCTTATTAGTACGAAAAACAGAGTCATTGATAAGGTTTATCATATTCAGACTGTTAATGGTGCCATAGCCCATTTTAAAGGTTGGA
TTGATGTAAAAATGCGAGGAGTTGCGACTAAGTATTTATCACATTATCTTGCTTGGTTTAAAGAAACGAGGACTAAGTTAGATAAACAGCAGATATTGGC
TGCTGCTTATCAATACCAACATTAATATGGAACAGAGCC
CATTACAAAAACACTTTTAGCCATGACACCCGCTCAAAGATTAACGGTTCAGCACGTTATTCAAGTATCTCAACCAGAAATTACGATTAATGAGCTGATC
CAACCTATTTTCAATTCATCACCTCAATGCCCACATTGCCATTGTGCACATTTTACTAAGTGGGGAAAAGCGGGATCGGTACAACGCTATAAATGCTTTT
CTTGTCATAAGACATTCAATAATAAAACAAAAACACCTTTAGCTAAGTTACATAGATGTGAGCTTTGGGATAAATACGCTGAGTGTATGTCGTTGAAACT
CACATTACGTGAAGCAGCTGCTGTTTGTAACATTAATCTGAAAACCTCATTTCTTTGGCGTCACCGTTTTTTGATGGCGCAATCTGAGCACAATCATGAA
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AGCGGAAATTAAATCATATTTACAGCCATATATAACCACAGAGTCAGTTTTATGTACTGATGGTGCTCATGCTTATGAGGAAATAGCTAACGTCACCCAA
TGCGAGCATAAACGGCTTATTAGTACGAAAAACAGAGTCATTGATAAGGTTTATCATATTCAGACTGTTAATGGTGCCATAGCCCATTTTAAAGGTTGGA
TTGATGTAAAAATGCGAGGAGTTGCGACTAAGTATTTATCACATTATCTTGCTTGGTTTAAAGAAACGAGGACTAAGTTAGATAAACAGCAGATATTGGC
TGCTGCTTATCAATACCAACATTAATATGGAACAGAGCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
960 bp | 319 aa | 66 | 1025 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKTELFRCQLNHITKTLLAMTPAQRLTVQHVIQVSQPEITINELIQPIFNSSPQCPHCHCAHFTKWGKAGSVQRYKCFSCHKTFNNKTKTPLAKLHRCEL
WDKYAECMSLKLTLREAAAVCNINLKTSFLWRHRFLMAQSEHNHEKLSGIIEADEFFMAYSEKGSKQLKNNRKANKRGGQMSKKHNESKVTILLSIDRSE
HMVSHVLAANTKAEIKSYLQPYITTESVLCTDGAHAYEEIANVTQCEHKRLISTKNRVIDKVYHIQTVNGAIAHFKGWIDVKMRGVATKYLSHYLAWFKE
TRTKLDKQQILAAAYQYQH
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HMVSHVLAANTKAEIKSYLQPYITTESVLCTDGAHAYEEIANVTQCEHKRLISTKNRVIDKVYHIQTVNGAIAHFKGWIDVKMRGVATKYLSHYLAWFKE
TRTKLDKQQILAAAYQYQH
Blast result :
Comments
ISPin1 is 54% aa similar to ISAzvi1
References
1] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Detter,J.C., Glavina del Rio,T., Hammon,N., Israni,S., Dalin,E., Tice,H., Bruce,D., Pitluck,S. and Richardson,P. (2006) Direct submission Genbank.