ISSto3
- Family IS5
- Group IS5
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_003106 | ND | Sulfolobus tokodaii | Sulfolobus tokodaii |
DNA section
IS Length : 1317 bp
Ends
IR Length : 24/26
IRL : GAGAGCGTCCAATGTGTAATTAACGTAATTTACTTTATTAATAAATTTTT
IRR : GAGAGCGTCCAACGCGTAATTAACGTGAATAACTAAATAAAGTAAAAAGT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ACACCTAGGTTAT | ACGT/A | GAGATATATAAT | 6 |
DNA sequence
GAGAGCGTCCAATGTGTAATTAACGTAATTTACTTTATTAATAAATTTTTATAGAAAAAGCAAGAATTACAGAACCCAATTGGATAATAATACTTAAGGG
GGATTACGCCTAGGTTATACAATGGGCATCGAAATTTACCAAAGCGTAATCCCCCAAAAATATTTGGGTTGGAAGAGTAAATATCTTTTGGATTGCGAGG
AGATCTTGAAAGAGCTAGATGATGTGATCAGAAGGGAGTTCGAGGGTTTCAAGTTCACTCAATATGACCCCTTGACTTACTTGAAGATGCTGATTGTTAT
GGTACTCTATAGAGAGTCTTATAGGGGGACAATTGAACTCGCAGCTACAAATATTGTGGTAAAGCGTTTCCTCAAAGTTAAAGAAATCCCATCAAAGTCC
TCACTACACTGGTTTGTCCACAAGTTTAGTGACAGAATAAGGGATTTACTCCTCAAGGTATTCAGAAGATTTGAATCACTCGTTGAAGAAGAACAACTCC
CAACACACCATCTACTAGCAGAGGAGAAGTTTGGAAGGGATATAAGGTTGCTTGATAGTTTTCCCGTTGAGTTGCCTAATGGTAAGAAGAGTATTGAGAC
TCATATTGAGAAGTTATTGCTTGATTTGAGGGAGATTGATTCTAAGAGGAAGCCTCATGAGGTTCTTGCTTCACTTGATGAGGGAAAGAGGGAGGAGCTT
TTTTCTCATTTCCCTAGGGATTATACTGTTAGGGAGCATGAGGGGAGTTGGGGTAGGAAGTGGGGTAAGGCTTGGTTTGGGGGGAAGTGTTTTGCTGAGG
TTTCTTCTAAAACCCTTATGGTATCTAAGGTTGAGTTAGTTTTAGCTAATGTTTCTGACTCGAGGTCTCCTATTGTGCCTAATGTGGTTACGCTTGTGGA
TAGGGGGTTTGTGGAGAGGGGTAAGGTAATTAGGGCTAGAAAGGGTTTGGGAGTTTTGAGGAGTGGTGTTGAGTTTTTTGGGATTTTCCTCAAGGAGCAC
ATGAGGTGTTTTGCTAGGAGTTTAGAGGTGTTGAATACTTTTGCTAATCTCGTAGGTTTAGCTTATAATATTCAGCGGTTTAGGGCTCTTAGGAAAAGGC
GTGTCCTACACTAGAAAAACTCGGTGGGAAAGCATGTTAGAAAAGTTCTCTCAGCTTGGGTTATCGAAAATTGCGAGATTATTTGCAATTGCATTTAATA
AACTGATTTTATATTATCTCACTCGTAGTAATTAAGTGAATTTAATTCTAAGCAAACGTGTTTTATAACTTTTTACTTTATTTAGTTATTCACGTTAATT
ACGCGTTGGACGCTCTC
GGATTACGCCTAGGTTATACAATGGGCATCGAAATTTACCAAAGCGTAATCCCCCAAAAATATTTGGGTTGGAAGAGTAAATATCTTTTGGATTGCGAGG
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TTTTCTCATTTCCCTAGGGATTATACTGTTAGGGAGCATGAGGGGAGTTGGGGTAGGAAGTGGGGTAAGGCTTGGTTTGGGGGGAAGTGTTTTGCTGAGG
TTTCTTCTAAAACCCTTATGGTATCTAAGGTTGAGTTAGTTTTAGCTAATGTTTCTGACTCGAGGTCTCCTATTGTGCCTAATGTGGTTACGCTTGTGGA
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ATGAGGTGTTTTGCTAGGAGTTTAGAGGTGTTGAATACTTTTGCTAATCTCGTAGGTTTAGCTTATAATATTCAGCGGTTTAGGGCTCTTAGGAAAAGGC
GTGTCCTACACTAGAAAAACTCGGTGGGAAAGCATGTTAGAAAAGTTCTCTCAGCTTGGGTTATCGAAAATTGCGAGATTATTTGCAATTGCATTTAATA
AACTGATTTTATATTATCTCACTCGTAGTAATTAAGTGAATTTAATTCTAAGCAAACGTGTTTTATAACTTTTTACTTTATTTAGTTATTCACGTTAATT
ACGCGTTGGACGCTCTC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
993 bp | 330 aa | 122 | 1114 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MGIEIYQSVIPQKYLGWKSKYLLDCEEILKELDDVIRREFEGFKFTQYDPLTYLKMLIVMVLYRESYRGTIELAATNIVVKRFLKVKEIPSKSSLHWFVH
KFSDRIRDLLLKVFRRFESLVEEEQLPTHHLLAEEKFGRDIRLLDSFPVELPNGKKSIETHIEKLLLDLREIDSKRKPHEVLASLDEGKREELFSHFPRD
YTVREHEGSWGRKWGKAWFGGKCFAEVSSKTLMVSKVELVLANVSDSRSPIVPNVVTLVDRGFVERGKVIRARKGLGVLRSGVEFFGIFLKEHMRCFARS
LEVLNTFANLVGLAYNIQRFRALRKRRVLH
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LEVLNTFANLVGLAYNIQRFRALRKRRVLH
Blast result :
Comments
ISSto3 is 37% aa similar to IS1194.
References
1] Kawarabayasi,Y., Hino,Y., Horikawa,H., Jin-no,K., Takahashi,M., Sekine,M., Baba,S., Ankai,A., Kosugi,H., Hosoyama,A., Fukui,S., Nagai,Y., Nishijima,K., Otsuka,R., Nakazawa,H., Takamiya,M., Kato,Y., Yoshizawa,T., Tanaka,T., Kudoh,Y., Yamazaki,J., Kushida,N., Oguchi,A., Aoki,K., Masuda,S., Yanagii,M., Nishimura,M., Yamagishi,A., Oshima,T. and Kikuchi,H. (2001) DNA Res. 8 (4), 123-140