ISMhu6
- Family IS4
- Group ISH8
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_007796 | ND | Methanospirillum hungatei | Methanospirillum hungatei JF-1 |
DNA section
IS Length : 1781 bp
Ends
IR Length : 14/16
IRL : CATGCATGACAGCTTTATGGCCTGATACCTAACAGAGCCAAAATCAGTGT
IRR : CATGTAAGACAGCTTTGTAGATTAATCCAGATCTTGAGGCATAATTTTTC
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| GAGACTTTTAAT | TATTTTATTT | GTACCTTTC | 10 |
| AGAGTAATGTGATGAATT | AATCCCTCTTC | 0 |
DNA sequence
CATGCATGACAGCTTTATGGCCTGATACCTAACAGAGCCAAAATCAGTGTTACTTATCAAGAATACATTTTCAAATACAAATCGATACCTTTATATATTT
TCTGCGCCGCCCTACGGTGAGCACCGTCGGGCGACCTAAAGAATATGAAGAAGCCTTCTTCTAAGGGTCTAAAAAACCTAAAATCTTGGGTATTTCAAAA
ATTTACCTTTGATTTTATTGAAAAGACAGCTCGGGAAACAGGATTTATGCAGAGAAAAAGGAAACTCGATCCTGTTCTTTTGATATTTACCCTCATTTTT
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TGTTAAAAATTGGACCTGAAATAGAGAATATTCTCCTAATAAACGACCTGGGATACTATTCTCTAAAAATTTTCTCTAAAATTCAACAATATGGAGGTTT
TTTTGTTAGTAGAATAAAAAGCAATGCTGTTTTTAAGGTTGTTTCAATCAATTCAGGACCTTCTGAAATAACATCAATTGTTGATCATATTCGTTTTAAA
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GGCTGATGATATTTATGATTTATACCGATTTCGTTGGGTGATTGAACTTATTTTTAAGGAATTAAAAGGGGATTACGACCTTGGAAAAATGTTTCTCGGA
AATGAGCCAATGGCGTTTATTCACATTTATTCCATGTTACTACGGTTTATTATTAGCAGAGATCTGTTTTCCTGGATTGTATCTACGTCTCGAAAAAATG
ATAAAGGAAAATATACCCCGATGTTATGGTCAAAAGTATTTTCAGAGAAAGGATTGGAGTTTTTGAGTGTTTTGAATCAAAATTTATTTGGCAAAGGGAA
CGTAAACAAACGATGGGTTAAATTAGAAAAATCACTGCGGCACCTTGCAAAAAGCCGCAACATAAAAGAAACTCTCTCATTGAAATTTTCTGAAATTTTG
TAGGTCTTTATCTTCGGATCGATAGTCTGAAGGAGGGTTATGTACTATTAGTTATCGTTAAAAAACCGGAAAATACTCGTAATTCTCTCTTTTTTTCTAT
CGTCTCTTTGAAGTTTCAATGATTGTAGTTTAGACCACTATAGTGAGACATTTGCGCGTCTGGGTTAAAGAAATGGATCAGAGAAGTATCTCTATCTTCA
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TGATAAGACATACAGTGTAATACGAATTATTGAAAAATTATGCCTCAAGATCTGGATTAATCTACAAAGCTGTCTTACATG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1359 bp | 452 aa | 145 | 1503 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKKPSSKGLKNLKSWVFQKFTFDFIEKTARETGFMQRKRKLDPVLLIFTLIFGVSSHMKPTLDEIHRHYIDLDDNPKILTSIRNQSFRKRFNLKLVDFLK
SLMEHYIDQMVHQSPAHLKGIVGGFKDILVQDSSIIRISKKLYELHPAARSRDESAGLKIHAIYSVVSNSVKNAIITTERVHDSKMLKIGPEIENILLIN
DLGYYSLKIFSKIQQYGGFFVSRIKSNAVFKVVSINSGPSEITSIVDHIRFKSINGYDFLDLMPKKGVYDLICSFHVGDKRINKIKTPIFQEFRVICTWN
PLTEKWHLYITNISKELFSADDIYDLYRFRWVIELIFKELKGDYDLGKMFLGNEPMAFIHIYSMLLRFIISRDLFSWIVSTSRKNDKGKYTPMLWSKVFS
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Blast result :
Comments
ISMhu6 is 50% aa similar to ISH8. There are 5 full copies in Methanospirillum hungatei genome.
References
1] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Detter,J.C., Glavina,T., Hammon,N., Israni,S., Pitluck,S., Brettin,T., Bruce,D., Han,C., Tapia,R., Gilna,P., Kiss,H., Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Kyrpides,N., Ivanova,N., McInerney,M.J., Brockman,F., Culley,D., Ferry,J.G., Gunsalus,R.P., Morrison,M., Plugge,C., Scholten,J., Stams,A.J.M., Boone,D.R. and Richardson,P. (2006) Direct submission Genbank.