ISSis1
- Family IS6
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_006424 | ND | Sulfolobus islandicus | Sulfolobus islandicus plasmid pARN4 |
DNA section
IS Length : 735 bp
Ends
IR Length : 18
IRL : GAGTGTGTCCAACAATTTTTGTTTTTTGTATAAAACATTTGTAGGGCGGT
IRR : GAGTGTGTCCAACAATTTCATTCACCTTGTTGTAAGAGGTTGTATAAGGT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTTAACCATA | GAGAAAAA | TATGTCATCTTCTAAAATT | 8 |
DNA sequence
GAGTGTGTCCAACAATTTTTGTTTTTTGTATAAAACATTTGTAGGGCGGTGAGGTTGTATTATTGAGGAACCATGATTAGCAAGACCAAATTAAGGCACC
TCACCGCCCTAATGTTAAGTTCTGTTTTTTCAGCTTTAAACCTTTCTCCACGTTTTCACACTATTGATGAGGTTGCTAAAGCATTATCAGCCTACTACTT
GGGTCTTTCTTTGAGGAGGGTTGAAGCCTTGTTTCACGTCCCTAGAAATACTGTCCAGTATTATTGGAGGAAGTTAGCTAATTACTCTTCTCCCCCCTCG
TGTAGCGGTTATTATGCAGTTGACGAGACTAGGATTAGAGTGGTTAACGGTTTACTTTACTGGTTGTGGGTTGTGAGGGATTTGAACACGGGGAAAGTGG
TTGCAGTTAGGCTTTCAGAAACTAGGAGCGGGTTAGATGTTATACTCTTACTGGAGGGTGGTGGAATAAGGGTGGAAGAGGTTAGGGAGATACTTCACGA
CGGCGGACCTTGGTATAATATACTTTCAACACTCGGCGTTAACCCATGAACACGAGACTTTTGGCAAGAGAAACCTAGTTGAACAAATGTTCAGAAGTTT
AAAGTTAAGGCTTGCAAGTATGGACAAACACTTCCCACACAATGCCAGTAAGGCTACAATACTGAGGTGGGTTAAGGCGTTCTTCACCTTATACAACCTC
TTACAACAAGGTGAATGAAATTGTTGGACACACTC
TCACCGCCCTAATGTTAAGTTCTGTTTTTTCAGCTTTAAACCTTTCTCCACGTTTTCACACTATTGATGAGGTTGCTAAAGCATTATCAGCCTACTACTT
GGGTCTTTCTTTGAGGAGGGTTGAAGCCTTGTTTCACGTCCCTAGAAATACTGTCCAGTATTATTGGAGGAAGTTAGCTAATTACTCTTCTCCCCCCTCG
TGTAGCGGTTATTATGCAGTTGACGAGACTAGGATTAGAGTGGTTAACGGTTTACTTTACTGGTTGTGGGTTGTGAGGGATTTGAACACGGGGAAAGTGG
TTGCAGTTAGGCTTTCAGAAACTAGGAGCGGGTTAGATGTTATACTCTTACTGGAGGGTGGTGGAATAAGGGTGGAAGAGGTTAGGGAGATACTTCACGA
CGGCGGACCTTGGTATAATATACTTTCAACACTCGGCGTTAACCCATGAACACGAGACTTTTGGCAAGAGAAACCTAGTTGAACAAATGTTCAGAAGTTT
AAAGTTAAGGCTTGCAAGTATGGACAAACACTTCCCACACAATGCCAGTAAGGCTACAATACTGAGGTGGGTTAAGGCGTTCTTCACCTTATACAACCTC
TTACAACAAGGTGAATGAAATTGTTGGACACACTC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
643 bp | 215 aa | 73 | 715 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MISKTKLRHLTALMLSSVFSALNLSPRFHTIDEVAKALSAYYLGLSLRRVEALFHVPRNTVQYYWRKLANYSSPPSCSGYYAVDETRIRVVNGLLYWLWV
VRDLNTGKVVAVRLSETRSGLDVILLLEGGGIRVEEVREILHDGGPWYNILSTLGVNPHEHETFGKRNLVEQMFRSLKLRLASMDKHFPHNASKATILRW
VKAFFTLYNLLQQGE
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VKAFFTLYNLLQQGE
Blast result :
Comments
ISSis1 is 86% aa simialr to ISC735.
References
1] Greve,B., Jensen,S., Bruegger,K., Zillig,W. and Garrett,R.A. (2004) Direct submission GenBank