ISCfe1

  • Family IS607
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
AM260752 ND Campylobacter fetus
Campylobacter fetus subsp. venerealis
DNA section
IS Length : 2030 bp

Ends


IR Length : 12

IRL : AAATTCTATAAAATTAGATAAAATAATATAAATATTTTATATAATTAACT
IRR : AAATTCTATAAATATATATAAAACTATACTAATAGAATTTTTGTTGTATT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length

DNA sequence

AAATTCTATAAAATTAGATAAAATAATATAAATATTTTATATAATTAACTTGACATAAAAATCCAAATTTAATATAATTAGCCTATGAGTAAATTATTAT
CAATAGGACAAGCTTCAAAAGCTCTTGGGGTTACTATTCAAACACTTAGAAACTGGGATAAAAAAGGATTATTAAAACCTGATGAATTAACTCGTGGTGG
AGAGCGTAGATATAAATTAGAAACTTTAAAAAATATAAATAAAAATATAGTTTTTAAAAATGATAATTTAAAAACCATAGCTTATGCAAGAGTTAGTTCA
AATGACCAAAAAGATGATTTAATTAGACAAGTTCAAGTATTAGAGTTATATTGTTCTAAACAAGGCTTTAATTATGAAATAATACAAGACTTAGGTAGTG
GAATGAATTATTATAAAAAAGGCTTAACTAGACTATTAAATTTAATACTAGATGGAGAAGTTAAAAGACTTGTTTTAACTCATAAAGATAGATTATTAAG
ATTTGGAGCTGAATTAGTATTTGCAATATGTGAAGCTAAAGAAGTTGAAGTAATAATTATTAATAAAGGCGAAGAGAATGTTAAATTTGAAGAAGAGTTA
GCCAAAGATGTCTTAGAAATAATAACAGTTTTTTCAGCTAGGCTTTATGGAAGTAGAAGTAAAAAGAATAAAAAGCTAATAGATGAGATGAAAGAAGTAG
TAAATAATAATGTCAAAAACTAATCAATCAAATTTAATATCAATTTCTCATAAAATAGAATTAAAACCAAACAATAAAGCAATCACTCATTTTAAAAAAG
CTTTTGGCTGTTCTCGTTTAGCTTATAACTGGGGACTTGCTAAATGGCAAGAGTATTATAAGCAAGGTGTTAAAAAATCATATTTAGATTTAAAAAAAGA
ATTCAACGCTATTAAAAAAGAGCAGTTTCCATTTGTTTATGATGTTAGTAAATATGCAACTCAACAACCATTTTTAAATTTAAATCTAGCTTTTAATAAA
TTTTTTAGAGATTTAAAACAAGGCAAGTTAAGTTATCCAAAATTTAAAAAGAAAAAAGAAAATTTCGGTAGTTACTATATAGGCGGAGACCAAATTATAA
TTAAAAATGAAAAATATCTAAAAATTCCAAATTTTGGACTTGTAAAAATAAGAGAAAAGCTTAGATTTAATGGTAAAATAAATAGCGTAACAATCTCACA
AAAAGCTAATAAATTTTATGCCAGTTTTAGTATGCAAATATCTCACGATGAATATAATAAAACTCATAAAATTAAAAATCTAAATAATCAAAGCATAGGT
ATAGATTTAGGTATAAAAGAGTTTGTTTGTTTATCTAATGGCTTAATGATAAAAGCACCAAAGCCCTTAAATAAGCTAACAAGACTTTTAGTTAAAAGAC
AAAGAAGGCTTTCTAAAAAGCAACACGCAAAAACCAAGCAAGAAGCAATTAATGGAGTTAAAAAGTCAAATAATTATCTAAAAGAATCTAAAAAATTAGC
TAAACTTCACTCTAAAATAGCAAATATTAGAAGTGATTTTTTACATAAGCTTTCTAGTATAATAATTAAAAATTATGATTATATAGGACTAGAAAATTTA
AACACACAAGGGATGATGAAAAATCATAAATTAGCTAAATCTCTTGTTGATGTCAGTTTTTATGAGTTTAATAGACAATTAGAATATAAAGCTAATTATA
TGCAAAAAGAAATTCATAGAGTAGATAAATTTTATCCAAGTTCTAAAACTTGCTGTGTATGTGGAAACATAAAGCAGGATTTAACATTAAAAGATAGAAT
TTATAAGTGCAAATCTTGTGGAAATATTATTGATAGAGATTTAAATGCAAGTATTAATTTACACAAGTTTGTAAATGAAACAGTAGGAATAGTTAATTCC
GAATTTACGCCTATGGACTTGACGGCTCTGCTAGATGATTTAGCAATAAATCAAATAGTAACCAGCAAGGTTGAAGTAGGAATACAACAAAAATTCTATT
AGTATAGTTTTATATATATTTATAGAATTT
Protein section
ORF number : 2

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
639 bp638 aa85723+No
ORF function : Transposase
Chemistry : Serine

ORF sequence :

MSKLLSIGQASKALGVTIQTLRNWDKKGLLKPDELTRGGERRYKLETLKNINKNIVFKNDNLKTIAYARVSSNDQKDDLIRQVQVLELYCSKQGFNYEII
QDLGSGMNYYKKGLTRLLNLILDGEVKRLVLTHKDRLLRFGAELVFAICEAKEVEVIIINKGEENVKFEEELAKDVLEIITVFSARLYGSRSKKNKKLID
EMKEVVNNNVKN

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1293 bp1292 aa7102002+No
ORF function : Accessory Gene
AG : TnpB

ORF sequence :

MSKTNQSNLISISHKIELKPNNKAITHFKKAFGCSRLAYNWGLAKWQEYYKQGVKKSYLDLKKEFNAIKKEQFPFVYDVSKYATQQPFLNLNLAFNKFFR
DLKQGKLSYPKFKKKKENFGSYYIGGDQIIIKNEKYLKIPNFGLVKIREKLRFNGKINSVTISQKANKFYASFSMQISHDEYNKTHKIKNLNNQSIGIDL
GIKEFVCLSNGLMIKAPKPLNKLTRLLVKRQRRLSKKQHAKTKQEAINGVKKSNNYLKESKKLAKLHSKIANIRSDFLHKLSSIIIKNYDYIGLENLNTQ
GMMKNHKLAKSLVDVSFYEFNRQLEYKANYMQKEIHRVDKFYPSSKTCCVCGNIKQDLTLKDRIYKCKSCGNIIDRDLNASINLHKFVNETVGIVNSEFT
PMDLTALLDDLAINQIVTSKVEVGIQQKFY

 

Blast result :
Comments
ISCfe1 is 95% (ORF1) and 77% (ORf2) aa similar to IS607.
References
1] Abril C. (2006) Direct submission GenBank