ISCfe1
- Family IS607
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AM260752 | ND | Campylobacter fetus | Campylobacter fetus subsp. venerealis |
DNA section
IS Length : 2030 bp
Ends
IR Length : 12
IRL : AAATTCTATAAAATTAGATAAAATAATATAAATATTTTATATAATTAACT
IRR : AAATTCTATAAATATATATAAAACTATACTAATAGAATTTTTGTTGTATT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
AAATTCTATAAAATTAGATAAAATAATATAAATATTTTATATAATTAACTTGACATAAAAATCCAAATTTAATATAATTAGCCTATGAGTAAATTATTAT
CAATAGGACAAGCTTCAAAAGCTCTTGGGGTTACTATTCAAACACTTAGAAACTGGGATAAAAAAGGATTATTAAAACCTGATGAATTAACTCGTGGTGG
AGAGCGTAGATATAAATTAGAAACTTTAAAAAATATAAATAAAAATATAGTTTTTAAAAATGATAATTTAAAAACCATAGCTTATGCAAGAGTTAGTTCA
AATGACCAAAAAGATGATTTAATTAGACAAGTTCAAGTATTAGAGTTATATTGTTCTAAACAAGGCTTTAATTATGAAATAATACAAGACTTAGGTAGTG
GAATGAATTATTATAAAAAAGGCTTAACTAGACTATTAAATTTAATACTAGATGGAGAAGTTAAAAGACTTGTTTTAACTCATAAAGATAGATTATTAAG
ATTTGGAGCTGAATTAGTATTTGCAATATGTGAAGCTAAAGAAGTTGAAGTAATAATTATTAATAAAGGCGAAGAGAATGTTAAATTTGAAGAAGAGTTA
GCCAAAGATGTCTTAGAAATAATAACAGTTTTTTCAGCTAGGCTTTATGGAAGTAGAAGTAAAAAGAATAAAAAGCTAATAGATGAGATGAAAGAAGTAG
TAAATAATAATGTCAAAAACTAATCAATCAAATTTAATATCAATTTCTCATAAAATAGAATTAAAACCAAACAATAAAGCAATCACTCATTTTAAAAAAG
CTTTTGGCTGTTCTCGTTTAGCTTATAACTGGGGACTTGCTAAATGGCAAGAGTATTATAAGCAAGGTGTTAAAAAATCATATTTAGATTTAAAAAAAGA
ATTCAACGCTATTAAAAAAGAGCAGTTTCCATTTGTTTATGATGTTAGTAAATATGCAACTCAACAACCATTTTTAAATTTAAATCTAGCTTTTAATAAA
TTTTTTAGAGATTTAAAACAAGGCAAGTTAAGTTATCCAAAATTTAAAAAGAAAAAAGAAAATTTCGGTAGTTACTATATAGGCGGAGACCAAATTATAA
TTAAAAATGAAAAATATCTAAAAATTCCAAATTTTGGACTTGTAAAAATAAGAGAAAAGCTTAGATTTAATGGTAAAATAAATAGCGTAACAATCTCACA
AAAAGCTAATAAATTTTATGCCAGTTTTAGTATGCAAATATCTCACGATGAATATAATAAAACTCATAAAATTAAAAATCTAAATAATCAAAGCATAGGT
ATAGATTTAGGTATAAAAGAGTTTGTTTGTTTATCTAATGGCTTAATGATAAAAGCACCAAAGCCCTTAAATAAGCTAACAAGACTTTTAGTTAAAAGAC
AAAGAAGGCTTTCTAAAAAGCAACACGCAAAAACCAAGCAAGAAGCAATTAATGGAGTTAAAAAGTCAAATAATTATCTAAAAGAATCTAAAAAATTAGC
TAAACTTCACTCTAAAATAGCAAATATTAGAAGTGATTTTTTACATAAGCTTTCTAGTATAATAATTAAAAATTATGATTATATAGGACTAGAAAATTTA
AACACACAAGGGATGATGAAAAATCATAAATTAGCTAAATCTCTTGTTGATGTCAGTTTTTATGAGTTTAATAGACAATTAGAATATAAAGCTAATTATA
TGCAAAAAGAAATTCATAGAGTAGATAAATTTTATCCAAGTTCTAAAACTTGCTGTGTATGTGGAAACATAAAGCAGGATTTAACATTAAAAGATAGAAT
TTATAAGTGCAAATCTTGTGGAAATATTATTGATAGAGATTTAAATGCAAGTATTAATTTACACAAGTTTGTAAATGAAACAGTAGGAATAGTTAATTCC
GAATTTACGCCTATGGACTTGACGGCTCTGCTAGATGATTTAGCAATAAATCAAATAGTAACCAGCAAGGTTGAAGTAGGAATACAACAAAAATTCTATT
AGTATAGTTTTATATATATTTATAGAATTT
CAATAGGACAAGCTTCAAAAGCTCTTGGGGTTACTATTCAAACACTTAGAAACTGGGATAAAAAAGGATTATTAAAACCTGATGAATTAACTCGTGGTGG
AGAGCGTAGATATAAATTAGAAACTTTAAAAAATATAAATAAAAATATAGTTTTTAAAAATGATAATTTAAAAACCATAGCTTATGCAAGAGTTAGTTCA
AATGACCAAAAAGATGATTTAATTAGACAAGTTCAAGTATTAGAGTTATATTGTTCTAAACAAGGCTTTAATTATGAAATAATACAAGACTTAGGTAGTG
GAATGAATTATTATAAAAAAGGCTTAACTAGACTATTAAATTTAATACTAGATGGAGAAGTTAAAAGACTTGTTTTAACTCATAAAGATAGATTATTAAG
ATTTGGAGCTGAATTAGTATTTGCAATATGTGAAGCTAAAGAAGTTGAAGTAATAATTATTAATAAAGGCGAAGAGAATGTTAAATTTGAAGAAGAGTTA
GCCAAAGATGTCTTAGAAATAATAACAGTTTTTTCAGCTAGGCTTTATGGAAGTAGAAGTAAAAAGAATAAAAAGCTAATAGATGAGATGAAAGAAGTAG
TAAATAATAATGTCAAAAACTAATCAATCAAATTTAATATCAATTTCTCATAAAATAGAATTAAAACCAAACAATAAAGCAATCACTCATTTTAAAAAAG
CTTTTGGCTGTTCTCGTTTAGCTTATAACTGGGGACTTGCTAAATGGCAAGAGTATTATAAGCAAGGTGTTAAAAAATCATATTTAGATTTAAAAAAAGA
ATTCAACGCTATTAAAAAAGAGCAGTTTCCATTTGTTTATGATGTTAGTAAATATGCAACTCAACAACCATTTTTAAATTTAAATCTAGCTTTTAATAAA
TTTTTTAGAGATTTAAAACAAGGCAAGTTAAGTTATCCAAAATTTAAAAAGAAAAAAGAAAATTTCGGTAGTTACTATATAGGCGGAGACCAAATTATAA
TTAAAAATGAAAAATATCTAAAAATTCCAAATTTTGGACTTGTAAAAATAAGAGAAAAGCTTAGATTTAATGGTAAAATAAATAGCGTAACAATCTCACA
AAAAGCTAATAAATTTTATGCCAGTTTTAGTATGCAAATATCTCACGATGAATATAATAAAACTCATAAAATTAAAAATCTAAATAATCAAAGCATAGGT
ATAGATTTAGGTATAAAAGAGTTTGTTTGTTTATCTAATGGCTTAATGATAAAAGCACCAAAGCCCTTAAATAAGCTAACAAGACTTTTAGTTAAAAGAC
AAAGAAGGCTTTCTAAAAAGCAACACGCAAAAACCAAGCAAGAAGCAATTAATGGAGTTAAAAAGTCAAATAATTATCTAAAAGAATCTAAAAAATTAGC
TAAACTTCACTCTAAAATAGCAAATATTAGAAGTGATTTTTTACATAAGCTTTCTAGTATAATAATTAAAAATTATGATTATATAGGACTAGAAAATTTA
AACACACAAGGGATGATGAAAAATCATAAATTAGCTAAATCTCTTGTTGATGTCAGTTTTTATGAGTTTAATAGACAATTAGAATATAAAGCTAATTATA
TGCAAAAAGAAATTCATAGAGTAGATAAATTTTATCCAAGTTCTAAAACTTGCTGTGTATGTGGAAACATAAAGCAGGATTTAACATTAAAAGATAGAAT
TTATAAGTGCAAATCTTGTGGAAATATTATTGATAGAGATTTAAATGCAAGTATTAATTTACACAAGTTTGTAAATGAAACAGTAGGAATAGTTAATTCC
GAATTTACGCCTATGGACTTGACGGCTCTGCTAGATGATTTAGCAATAAATCAAATAGTAACCAGCAAGGTTGAAGTAGGAATACAACAAAAATTCTATT
AGTATAGTTTTATATATATTTATAGAATTT
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
639 bp | 638 aa | 85 | 723 | + | No |
Chemistry : Serine
ORF sequence :
MSKLLSIGQASKALGVTIQTLRNWDKKGLLKPDELTRGGERRYKLETLKNINKNIVFKNDNLKTIAYARVSSNDQKDDLIRQVQVLELYCSKQGFNYEII
QDLGSGMNYYKKGLTRLLNLILDGEVKRLVLTHKDRLLRFGAELVFAICEAKEVEVIIINKGEENVKFEEELAKDVLEIITVFSARLYGSRSKKNKKLID
EMKEVVNNNVKN
QDLGSGMNYYKKGLTRLLNLILDGEVKRLVLTHKDRLLRFGAELVFAICEAKEVEVIIINKGEENVKFEEELAKDVLEIITVFSARLYGSRSKKNKKLID
EMKEVVNNNVKN
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1293 bp | 1292 aa | 710 | 2002 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MSKTNQSNLISISHKIELKPNNKAITHFKKAFGCSRLAYNWGLAKWQEYYKQGVKKSYLDLKKEFNAIKKEQFPFVYDVSKYATQQPFLNLNLAFNKFFR
DLKQGKLSYPKFKKKKENFGSYYIGGDQIIIKNEKYLKIPNFGLVKIREKLRFNGKINSVTISQKANKFYASFSMQISHDEYNKTHKIKNLNNQSIGIDL
GIKEFVCLSNGLMIKAPKPLNKLTRLLVKRQRRLSKKQHAKTKQEAINGVKKSNNYLKESKKLAKLHSKIANIRSDFLHKLSSIIIKNYDYIGLENLNTQ
GMMKNHKLAKSLVDVSFYEFNRQLEYKANYMQKEIHRVDKFYPSSKTCCVCGNIKQDLTLKDRIYKCKSCGNIIDRDLNASINLHKFVNETVGIVNSEFT
PMDLTALLDDLAINQIVTSKVEVGIQQKFY
DLKQGKLSYPKFKKKKENFGSYYIGGDQIIIKNEKYLKIPNFGLVKIREKLRFNGKINSVTISQKANKFYASFSMQISHDEYNKTHKIKNLNNQSIGIDL
GIKEFVCLSNGLMIKAPKPLNKLTRLLVKRQRRLSKKQHAKTKQEAINGVKKSNNYLKESKKLAKLHSKIANIRSDFLHKLSSIIIKNYDYIGLENLNTQ
GMMKNHKLAKSLVDVSFYEFNRQLEYKANYMQKEIHRVDKFYPSSKTCCVCGNIKQDLTLKDRIYKCKSCGNIIDRDLNASINLHKFVNETVGIVNSEFT
PMDLTALLDDLAINQIVTSKVEVGIQQKFY
Blast result :
Comments
ISCfe1 is 95% (ORF1) and 77% (ORf2) aa similar to IS607.
References
1] Abril C. (2006) Direct submission GenBank