ISClte2
- Family IS200/IS605
- Group IS605
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_004565 | ND | Clostridium tetani | Clostridium tetani E88 plasmid pE88 |
DNA section
IS Length : 1690 bp
Ends
Left end : CCAGGTTTGTCGTAAATCCCCTGTCTTCAAACATGGGGATATAAGGCAATATATACTTGTTGTATTATATGACCTTAAGTAGTATAATCCAAACATGGAA II struct. : Yes
Right end : TACTGGCATACCCTTAGCTTGAGGTCATACTGGACTATCAGAAATGAACTGTCCTTTAATCACTCAAGAATCCCCTAGATTTATCTATGGGGAGTGTCAA II struct. : Yes
Insertion site
Left flank | LE cleavage site | Right flank | RE cleavage site |
---|---|---|---|
TTTTTTCTCCCA | TTTA | TATAAAAACA | TCAA |
DNA sequence
CCAGGTTTGTCGTAAATCCCCTGTCTTCAAACATGGGGATATAAGGCAATATATACTTGTTGTATTATATGACCTTAAGTAGTATAATCCAAACATGGAA
CAAAAATATAAATCAAATAATAATATAGTCTACTCATGCAAGTATCACATAGTTTGGTGTCCTAAATATCGTAGAAAAGTTCTTATTGGCAATGTAGAAA
CAAGATTAAAGGAGTTGTTAATTGAAACTTGTGCCGATATTGAAGTCGATATAATCAAAATGGAGTTAATGCCAGACCATGTTCATATGCTTATTGAAGT
AGACCCACAATTTGGAGTTCATAAAGCTATTAAACGAATGAAAGGTAGAACATCCAAAATGTTAAGACAAGAATTTCCACATCTTAAAACCAAACTACCT
ACTCTATGGACTAATAGCTATTTTGTGTCAACTGTTGGTGGTGCTCCACTTTCAGCAATTAAACAATATATTGAAAATCAAAAAACATCACAAAGGAAAT
GATACTGTGCAATTAACCATTAAAATCAAATTAATACCAATGAAAGAGCAAAAACTACATATTCAAGATACTTGTTTAGAATATATTAAAACTGTTAATG
ATATAGTATCACTAATGGTTGCTGAAAATAAAAGTCTTAAACTAACTTCAAAAGATATAATTGCTAATCTTCCAAGTGCTGTTAAAAATCAAGCAATTAG
AGATAGTAAAAGTGTATATTCTAAATATAAGAAAACTAAAATACAAAATTTTCTTAAAAAACCTATGTGTATATGGAACAACCAAAACTATAGTATTGGT
GAAAATTATATTGCTTTTCCAGTAATGATTAATGGTAAATCTAAAAAGATTAAAGTTAAAGCTATCATAGAACAATATCAAAAAGATTTATTAACCAATA
AATTAGGTACTTTAAGAATAACTAAAAAAGCCAATAAATTAATGGCTCAAATTTCTATTGATGTAGTAGAAAAAGAAAATGTAAACAATAAAGCTATGGG
TATAGATTTGGGACTAAAAATACCTGCTGTTGCAGTAACAGAAGATAAAAAAGTAAAATTCTTTGGCAATGGTAGGCAAAACAAATACATTAAAAGAAAA
TATAGATCATTAAGAAAAAAGTTAGGTAAAGCTAAAAAAATTAACAAAATAAAATCTATAAATGATAAAGAACAAAGATATATGAAAGACCAAGACCACA
AAATAAGTAGAGGAATAGTTAATTTTGCTATTCAAAATAATATTTCCGTAATTAGATTAGAAAAACTAACTAATATCAGAAATACGGCAAAAACAAACCG
TAAAAATGAAAAGAATTTGCATACTTGGTCATTCTATCGTCTAGCACAATACATTGAATATAAGGCACTTTTAGAAGGTATTAAAATTGAATATGTTAAT
CCATGTAATACATCTAAACAATGCCCTATTTGTGGCAAATTAAATACTGCTAAAGATAGAAAATATCAATGTTCATGTGGTTATAAAGCACATAGAGATT
TGAATGCTTGTATTAATATAATTAATGCAACTGTTGTAGATGGTAATAGTCTACAAGCCTAAGATACTATAGGTACTGTCTTAGGAAGGGTACTGGCATA
CCCTTAGCTTGAGGTCATACTGGACTATCAGAAATGAACTGTCCTTTAATCACTCAAGAATCCCCTAGATTTATCTATGGGGAGTGTCAA
CAAAAATATAAATCAAATAATAATATAGTCTACTCATGCAAGTATCACATAGTTTGGTGTCCTAAATATCGTAGAAAAGTTCTTATTGGCAATGTAGAAA
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GAAAATTATATTGCTTTTCCAGTAATGATTAATGGTAAATCTAAAAAGATTAAAGTTAAAGCTATCATAGAACAATATCAAAAAGATTTATTAACCAATA
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TAAAAATGAAAAGAATTTGCATACTTGGTCATTCTATCGTCTAGCACAATACATTGAATATAAGGCACTTTTAGAAGGTATTAAAATTGAATATGTTAAT
CCATGTAATACATCTAAACAATGCCCTATTTGTGGCAAATTAAATACTGCTAAAGATAGAAAATATCAATGTTCATGTGGTTATAAAGCACATAGAGATT
TGAATGCTTGTATTAATATAATTAATGCAACTGTTGTAGATGGTAATAGTCTACAAGCCTAAGATACTATAGGTACTGTCTTAGGAAGGGTACTGGCATA
CCCTTAGCTTGAGGTCATACTGGACTATCAGAAATGAACTGTCCTTTAATCACTCAAGAATCCCCTAGATTTATCTATGGGGAGTGTCAA
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
408 bp | 135 aa | 95 | 502 | + | No |
Chemistry : Y1
ORF sequence :
MEQKYKSNNNIVYSCKYHIVWCPKYRRKVLIGNVETRLKELLIETCADIEVDIIKMELMPDHVHMLIEVDPQFGVHKAIKRMKGRTSKMLRQEFPHLKTK
LPTLWTNSYFVSTVGGAPLSAIKQYIENQKTSQRK
LPTLWTNSYFVSTVGGAPLSAIKQYIENQKTSQRK
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1140 bp | 379 aa | 423 | 1562 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MCQLLVVLHFQQLNNILKIKKHHKGNDTVQLTIKIKLIPMKEQKLHIQDTCLEYIKTVNDIVSLMVAENKSLKLTSKDIIANLPSAVKNQAIRDSKSVYS
KYKKTKIQNFLKKPMCIWNNQNYSIGENYIAFPVMINGKSKKIKVKAIIEQYQKDLLTNKLGTLRITKKANKLMAQISIDVVEKENVNNKAMGIDLGLKI
PAVAVTEDKKVKFFGNGRQNKYIKRKYRSLRKKLGKAKKINKIKSINDKEQRYMKDQDHKISRGIVNFAIQNNISVIRLEKLTNIRNTAKTNRKNEKNLH
TWSFYRLAQYIEYKALLEGIKIEYVNPCNTSKQCPICGKLNTAKDRKYQCSCGYKAHRDLNACINIINATVVDGNSLQA
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Blast result :
Comments
ISClte2 is 83% aa similar to IS608 (ORF A) and 40% aa similar to IS606 (ORF B). There are two copies in pE88.
References
1] Brueggemann,H., Baumer,S., Fricke,W.F., Wiezer,A., Liesegang,H., Decker,I., Herzberg,C., Martinez-Arias,R., Merkl,R., Henne,A. and Gottschalk,G. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (3), 1316-1321